Partenaire historique majeur, l'UE finance de nombreux projets d'infrastructure et de formation. Elle a notamment financé la construction de nouveaux bâtiments à la Faculté des Sciences et soutient des programmes de recherche sur la biodiversité.

Cet organisme de coopération universitaire flamand collabore avec l'UNIKIS depuis 2010. Le programme de Coopération Universitaire Institutionnelle (CUI) a permis de former de nombreux jeunes docteurs et de créer des centres d'expertise en agriculture durable et en biodiversité.

En collaboration avec l'UE, le CIFOR travaille main dans la main avec l'UNIKIS sur le Projet FORETS. Ce partenariat vise à faire de l'université un pôle d'excellence pour la gestion durable des forêts du Bassin du Congo.

Elle permet à l'UNIKIS de bénéficier de ressources numériques, de bourses de mobilité et de participer à des appels à projets internationaux.

Dans le cadre du programme VLIR-UOS, ces institutions collaborent directement avec les facultés de l'UNIKIS pour l'échange de professeurs et le co-encadrement de thèses.